Mikao Usui gimė 1865 metų Rugpjūčio 15 dieną, Gifu prefektūroje, Taniai kaime, kuris dabar vadinasi Mijama čo, kur jo protėviai gyveno vienuolika kartų. Protėvių šaknys atveda iki Čiba klano, kuris kadaise buvo įtakinga samurajų šeima Japonijoje. Jo šeima taipogi priklausė Tendai Budizmo mokyklai, tad sulaukęs keturių metų, buvo išsiūstas į Tendai vienuolyną gauti pradinį išsilavinimą. Mikao Usui turėjo tris brolius – Sanija, Kunidži, o trečiojo vardas nežinomas. Jis taip pat turėjo vyresnę seserį vardu Tsuru. Jo tėvo vardas buvo Uzaemon, mama buvo kilusi iš Kavai šeimos.
Būdamas dvylikos metų Mikao pradėjo kovos menų apmokymus. Jis mokėsi du kovos menus: “Aiki Džutsu” ir “Jagju Ryju”, pasiekė aukštus rezultatus su kardu (Ken Džutsu) ir imtynėse (Džu Džitsu). Sulaukęs dvidešimties įgyjo Menkijo Kaiden(kovos meno mokytojo) laipsnį.
Suaugęs Mikao Usui su žmona Sadako Suzuki gyveno Kijoto mieste, turėjo du vaikus, sūnų Fudži ir dukrą Tošiko. Jis ir toliau tęsė savo dvasinę praktiką ir įsitraukė į grupę “Rei Džyjutsu Ka”. Jų centras buvo ant Kurama kalno, šiaurės Kijote. Ten yra senovinė Budistų šventykla – Kurama-dera, su didžiule Bišamonten statula (šiaurės globėjas), vienas iš keturių krypčių globėjų. Pastatyta 770 metų prieš Kristų, šventykla priklausė ezoteriniai Tendai Budizmo mokyklai. 1945 metais tapo nepriklausoma Budistų mokykla, dabar priskiriama prie kulto, kuris orientuojasi ties Veneros planeta ir Šinto Son-ten dievybe. Keturis amžius Kurama buvo laikoma dvasine vieta, kurioje melsdavosi imperatoriai ir garsūs išminčiai. Šventykla apsupta natūralios gamtos, o kalnas yra dvasinis Kurama šventyklos simbolis. Laiptai veda žemyn, kur galima atsisėsti ir medituoti. Netoliese yra krioklys.
Manoma, kad tuo metu, Usui pradėjo giliau domėtis meditacija. Kai kurie šaltiniai teigia, kad jis atlikinėjo praktiką pas Šingon budistus. Taip pat yra manoma, kad jis buvo Tendai šventikas (Zaike), ir priėmęs budistinį vardą Gioho. Mikao Usui praleido daug laiko besimokydamas naująjį dvasinį mokymą, rinkdamas budistinius šventraščius. Jis studijavo budistinius gydymo metodus, ir išleido nežmoniškai daug pinigų rinkdamas senus medicinos tekstus. Usui turėjo gerus politinius ir akademinius ryšius įvairiose šalyse.
Kijote buvo įsikūrę daug didelių budistinių bibliotekų ir vienuolynų, kuriuose buvo saugomi senoviniai tekstai. Daugelį metų Usui rinko, studijavo ir praktikavo šiuos medicinos tekstus. Jis tapo meditacijos meistru. Po kurio laiko, Usui tapo gerbiamu budizmo mokytoju, turėjo nemažai atsidavusių pasekėjų. Jie susitikinėdavo reguliariai ir Usui juos mokindavo iš tekstų kuriuos jis buvo sukaupęs. Jie praktikavo įvairius ritualus norėdami išgydyti tuo metu siaučiančias Japonijoje ligas, taip pat praktikavo kitas ezoterines gydymo praktikas.
Vis dar nėra tiksliai aišku kada Mikao Usui pradėjo mokinti savo mokinius Reiki. Usui memoriale rašoma, kad mokyti savo gydymo sistemos nepradėjo ankščiau nei 1922 metais. Tačiau, kiti šaltiniai teigia, kad jis mokė žymiai ankščiau. Pavyzdžiui, Mariko Suzuki, Mikao Usui žmonos pusseserė teigia, kad apmokymus pas Usui pradėjo 1915 metais. Remiantis Usui memorialu, vieną dieną jis nutarė pradėti intensyvią meditaciją ant Kurama kalno. Niekas tiksliai nežino kiek laiko jis praleido medituodamas, tačiau dauguma linkę manyti, jog tai buvo apie 21 dieną. Tuo metu Usui atliko meditacijos praktiką kuri vadinasi Kušu Šinren. Teigiama, kad didžiulė energijos koncetracija pasirodė virš jo galvos, ir jis tokiu būdu gavo galimybę naudotis Universalia gyvybine energija, kuri po kurio laiko tapo žinoma kaip Reiki.
Po ilgų apmąstymų ir meditacijų, jis nusprendė pasidalinti savo žiniomis su kitais. Usui savo naujai atrastą metodą taikė ant savo šeimos ir artimųjų. Vėliau jis pradėjo siūlyti savo gydymą žemesniems Kijoto sluoksniems. Usui namų durys atsivėrė daugybei žmonių. Tuo pačiu, tęsdamas reguliarius užsiėmimus su savo mokiniais ir plėsdamas „ratą” budistų pasekėjų.
1922 metų balandžio menesį, Usui persikėlė į Tokijų, kur pradėjo dirbti sekretoriumi pas Tokijo ministrą pirmininką Pei Gotoušin. Jis atidarė Reiki klinikas Harajuku, Aojama Tokijo priemiesčiuose, pradėjo rengti Reiki sistemos mokymus. Kai kas teigia, kad tai buvo Reiki Gakkai pradžia.